Die Verbandsversammlung ist das
Hauptorgan des Regionalverbands und setzt sich aus gewählten Mitgliedern
zusammen. Als Wahlorgane agieren der Landrat und die Kreisräte der drei
Landkreise Breisgau-Hochschwarzwald, Emmendingen, Ortenaukreis sowie der
Oberbürgermeister und der Gemeinderat der Stadt Freiburg. Diese wählen die Mitglieder aus der Mitte der Regionsbevölkerung, nach jeder regelmäßigen Kommunalwahl. Somit beträgt die Amtszeit fünf Jahre. Durch die
Mitglieder sollen die geografische Vielfalt und die parteiliche
Zusammensetzung der genannten Körperschaften repräsentiert werden. Entsprechend der derzeitigen
Einwohnerzahl des Verbandsgebiets hat die Verbandsversammlung 80 Mitglieder. Der Rgionalverband versteht sich auf Grundlage dieser politischen Legitimation gegenüber Bund und Land als ein "Sprachrohr der Region".
Dieses
regionale "Parlament" wählt als seinen Repräsentanten, den
ehrenamtlichen Vorsitzenden, für fünf Jahre. Zu seiner Unterstützung bei der Vorbereitung und dem Vollzug der Beschlüsse der Verbandsversammlung und bei der Leitung der Verbandsverwaltung wählt die Verbandsversammlung zudem für eine Amtszeit von acht Jahren den hauptamtlichen Verbandsdirektor.
Zur Entlastung der Verbandsversammlung sieht die Hauptsatzung zwei beschließende Ausschüsse vor: Den Hauptausschuss und den Planungsausschuss. Der Hauptausschuss ist hauptsächlich für die Finanz-, Organisations- und Personalangelegenheiten des Verbandes zuständig. Der Planungsausschuss befasst sich mit den planerischen und konzeptionellen Themen des Verbandes. Beide Ausschüsse sind oft vorberatend tätig und bereiten eine effiziente und zügige Beschlussfassung in der Verbandsversammlung vor.
Durch die kommunale Ausrichtung der Verbandsversammlung berät der Regionalverband über die Planung hinaus Städte und Gemeinden in der Region. Der Regionalverband ist damit auch eine kommunale Service-Einrichtung.
Zusätzlich zu den beiden beschließenden Ausschüssen wurden auch zwei Ausschüsse eingerichtet, die dem Austausch und der Abstimmung mit den Nachbarverbänden dienen. Die Ausschüsse sind mit jeweils einem Fraktionsvertreter der Regionalverbände besetzt. Aktuell gibt es einen Kooperationsausschuss mit dem Regionalverband Mittlerer Oberrhein und einen Kontaktausschuss mit dem RegionalverbandHochrhein-Bodensee. Trotz der unterschiedlichen Bezeichnungen dienen sie demselben Zweck.